应用PCR-DGGE技术分析黄海冷水团海域的细菌群落组成
  • 【DOI】

    10.3321/j.issn:0250-3301.2008.04.040

  • 【摘要】

    利用PCR-DGGE技术对2个季节(2006-04和2006-10)的黄海冷水团海域的细菌群落组成和优势菌群进行了分析.通过软件Glyko Bandscan分析DGGE图谱,4月份所有站位的条带数相近(约17条),多样性丰富;10月份,在冷水团范围以内站位的条带约16条,其多样性也较丰富;而在冷水团范围以外站位的条带少(约12条),其多样性较低.细菌16S rDNAV3区特征片段经DGGE分离、条... 展开>>利用PCR-DGGE技术对2个季节(2006-04和2006-10)的黄海冷水团海域的细菌群落组成和优势菌群进行了分析.通过软件Glyko Bandscan分析DGGE图谱,4月份所有站位的条带数相近(约17条),多样性丰富;10月份,在冷水团范围以内站位的条带约16条,其多样性也较丰富;而在冷水团范围以外站位的条带少(约12条),其多样性较低.细菌16S rDNAV3区特征片段经DGGE分离、条带切割,共得到24条条带,克隆、测序后,进行系统进化分析,结果显示这24条带分别归属于2个细菌类群:变形细菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroides).在24条序列中有16条分别与变形细菌亚群的γ和δ-Proteobacteria相似,有5条与拟杆菌门相似.时空分析发现,4月份所有站位水体(海水温度为7-12℃)的细菌群落组成和10月份(冷水团存在期)冷水团内部水体(海水温度低于10℃)的细菌群落组成相同(都包括γ-Proteobacteria、δ-Proteobacteria和Bacteroides),与10月份冷水团外部水体(海水温度大于19℃)的(包括γ-Proteobacteria和Bacteroides)不同.优势菌群也存在同样的分布特点,4月份所有站位水体的优势菌群与10月份冷水团内部水体的优势菌群也相同(都是γ-Proteobacteria),而10月份冷水团外部水体不同的站位优势菌群不同.该海域细菌群落组成和优势菌群的分布特点,可能与冷水团的形成有一定的相关性. 收起<<

  • 【作者】

    刘敏  朱开玲  李洪波  张涛  肖天 

  • 【作者单位】

    中国科学院海洋研究所海洋生态与环境科学重点实验室/中国科学院海洋研究所海洋生态与环境科学重点实验室/中国科学院海洋研究所海洋生态与环境科学重点实验室/国家海洋局第二海洋研究所卫星海洋环境动力学国家重点实验室

  • 【刊期】

    环境科学 ISTIC PKU 2008年4期

  • 【关键词】

    细菌群落组成  16S rDNA序列分析  PCR-DGGE  黄海冷水团 

  • 【基金项目】

    国家重点基础研究发展计划(973计划) 国家自然科学基金 中国科学院知识创新工程项目 中国科学院研究生科学与社会实践资助专项(创新研究类)